Metaは、2016年以来、Messengerにエンドツーエンド暗号化（E2EE）機能を追加していました。
シークレットカンバセーションとも呼ばれ、送信されたメッセージを自動的に削除できます。メッセージを送信する前に、メッセージが削除する時間をオフにすることもでき、5秒から30分、 1時間、6時間、12時間そして1日までも設定できます。時間が設定されたら送った文字、 写真、ステッカーとgifが期限が切れると消えます。 2人での会話に加えて、グループチャットもE2EEシステムは変更できます。
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新機能として、E2EEシステムで話すとき他の人がスクリーンショットを撮ると、スクリーンショットを撮ったことを示す通知が表示されます。Metaの創設者であるMarkZuckerbergがこの機能について彼のFacebookページに投稿を投稿しました。
メッセージを長押しすると、通常のメッセージと同じように反応を受け取ることができます。 エンドツーエンドの暗号化チャットでは、テキストを押すか横にドラッグしてメッセージに返信することもできます。話している相手がタイピングしているのを確認できるタイピングインジケーターもあります。詳細については Metaによるブログ投稿を読むことができます。